Permaneció en la disciplina madrileña por cuatro años convirtiéndose en uno de los máximos goleadores de la historia del club antes de abandonarlo en el invierno de 2007 debido al notable descenso en su rendimiento por unos problemas de hipotiroidismo que arrastraba desde hacía tiempo -y que fueron conocidos más adelante con su retirada como profesional-. Tras el ostracismo sufrido bajo el F. C. Barcelona en los últimos tres años, donde los catalanes se alzaron con la mayoría de los títulos disputados, el club madridista contrató como entrenador a José Mourinho -uno de los pocos que consiguió frenar al club barcelonista- para formar un sólido proyecto, primero desde hacía años con el objetivo de recuperar el crédito perdido.
